Корнієнко М. В. Індикація та видова диференціація збудників хламідіозів тварин за полімеразної ланцюгової реакції

Дисертація присвячена розробленню ПЛР-методик для ідентифікації та видової диференціації бактерій роду Chlamydia. Для цього проведено біоінформатичні дослідження шляхом вирівнювання первинних нуклеотидних послідовностей генів, що кодують 16S rRNA, RNase P RNA та МОМР. Вивчено рівень гомології та варіабельності нуклеотидних послідовностей ДНК трьох означених генів. Проведено порівняльний, філогенетичний, згрупований та загальний аналіз генів. Сконструйовано, для кожного з 10 видів хламідій, дизайн олігонуклеотидних праймерів на специфічні ділянки гена, що кодує МОМР. Дослідно-практичним шляхом відпрацьовано співвідношення реакційної суміші та режиму ампліфікації праймерних систем до отримання чітких смуг заданого розміру на електрофореграмах зразків контрольних ДНК бактерій роду Chlamydia. Розроблені нами 10 ПЛР-методик індикації та видової диференціації хламідій пройшли випробування на аналітичну специфічність і чутливість, а також валідацію з методиками, що лежить в основі 7 інших ПЛР тест-систем для діагностики хламідійних інфекцій. При цьому досліджено 35 зразків біологічного матеріалу, а саме: 11 зразків контрольних ДНК, 18 зразків ДНК хламідій, виділених з біологічного матеріалу від свійських тварин, 3 зразки ДНК від лептоспір і 3 зразки ДНК від бабезій. Розроблено два алгоритми застосування діагностичних ПЛР-методик. Проведено епізоотологічний скринінг хламідіозної інфекції у господарствах різних районів Полтавської області та встановлено видову циркуляцію хламідій серед ВРХ та свиней. Таким чином, проведені дослідження дали змогу сконструювати досить чутливі, аналітично-специфічні методики ідентифікації кожного з 10 видів бактерій роду Chlamydia у ПЛР.