Шиманська І. Є. Мутації гена ATP7B у пацієнтів з ідіопатичними гепатобіліарними порушеннями та хворобою Вільсона

English version

Дисертація на здобуття ступеня доктора філософії

Державний реєстраційний номер

0822U100947

Здобувач

Спеціальність

  • 091 - Біологія. Біологія

20-09-2022

Спеціалізована вчена рада

ДФ 35.051.074

Львівський національний університет імені Івана Франка

Анотація

Робота присвячена дослідженню спектру та частоти алельних варіантів гена ATP7B серед осіб з підозрою хвороби Вільсона з України, а також покращенню виявлення випадків хвороби Вільсона шляхом розробки та впровадження оптимального алгоритму тестування мажорних мутацій генів-кандидатів гепатобіліарних порушень в осіб молодого віку. Для диференційної діагностики ідіопатичних гепатобіліарних порушень проводили генотипування мажорних мутацій генів HFE та UGT1A1. Також встановлено їх частоту та внесок в етіологію гепатобіліарних порушень. Першим етапом дисертаційної роботи було встановлення частоти мутацій генів ATP7B, HFE, UGT1A1 серед практично здорових осіб та серед осіб з ідіопатичними гепатобіліарними порушеннями. Генотипування алельного варіанту c.3207C>A гена ATP7B проводили методом ПЛР Bi-PASA, низькофункціонального алелю A(TA)7TAA гена UGT1A1 методом гетеродуплексного аналізу, алельних варіантів c.845G> A та c.187C> G гена HFE методом рестрикційного аналізу. У результаті даного етапу роботи встановлено частоту гетерозиготного носійства мутації c.3207C>A гена ATP7B (1:57, 1,75%) серед практично здорових осіб, частоту гетерозиготних носіїв мутації с. 845G>C гена HFE в загальній вибірці - 1:40 (2,5%). Кожен четвертий був гетерозиготним носієм алельного варіанту с.187C>G гена HFE. Частота гомозиготного генотипу низькофункціонального алеля (TA)7TAA гена UGT1A1 становить 1:9 (11,7%). Отже, у результаті першого етапу роботи визначено етіологічні чинники ідіопатичних гепатобіліарних порушень: мутації гена HFE (5,8%) та мутація c.3207C>A гена ATP7B ( 9,4%). Наступним етапом роботи було формування секвенування кодуючої послідовності гена ATP7B. Секвенування проведено у 23 зразках ДНК осіб з клінічними ознаками хвороби Вільсона (три та більше балів відповідно до бальної шкали проявів захворювання). Секвенування почали з 8-го екзону гена ATP7B. У чотирьох пацієнтів виявлено однакову перебудову – р.Glu770Argfs. У трьох з них мутація була в компаунд гетерозиготному стані з мажорною мутацією с.3207C>A. В однієї пацієнтки після секвенування усієї послідовності гена та детекції великих делецій та дуплікацій (MLPA) виявлено лише мутацію c.2304dupC. В одного пацієнта виявлено мутацію c.2128G>A в межах екзону 8. Мутація описана в базі даних HGMD як патогенна (rs137853285). За результатами секвенування та порівняння з референтною послідовністю, в екзоні 9 гена не виявлено перебудов у жодному із зразків ДНК. Секвенування цієї ділянки гена не є інформативне для досліджуваної популяції. У межах екзона 13 виявлено заміну аденіну на цитозин в положенні 3011 (c.3011A>C). У двох осіб в межах екзона 13 виявлено заміну аденіну на цитозин в положенні 2973 кДНК (c.2973A>C). Цей варіант не веде до зміни послідовностей амінокислот у білку і трактується у базах даних як однонуклеотидний поліморфізм rs1801248. Також, виявлено дві особи із заміною гуаніну на аденін в положенні 3009 гена ATP7B (c.3009G>A) в гетерозиготному стані (rs1801247). В межах езону 13 виявлено три алельні варіанти. У двох осіб в межах екзона 15 виявлено мутацію c.3402delC. Відповідно до отриманих результатів секвенування екзона 10 гена ATP7B, виявлено міссенс заміну c.2495A>G в гетерозиготному стані у 6 пацієнтів, та у двох осіб в гомозиготному стані. У результатів секвенування з 16 по 21 екзонів гена ATP7B в досліджуваних зразках ДНК пацієнтів відмінностей від референтної послідовності гена не виявлено. Не виявлено відмінностей від референтної послідовності у межах екзонів 1, 2, 11 та 12 гена ATP7B. В межах екзона 3 гена ATP7B в чотирьох осіб виявлено однонуклеотидний поліморфізм c.1366C>G (AG[C/T]GT) rs1801244 - заміну амінокислоти валіну на лейцин в положенні 456 в гетерозиготному стані, у трьох - в гомозиготному стані. Також виявлено варіант в 4 екзоні c.1551C>T, який на сьогодні не описаний. У результаті роботи не встановлено перебудов у екзонах 5, 6 та 7. Отримані результати секвенування вказують на те, що окрім переважаючої мутації c.3207C>A гена ATP7B серед даної вибірки осіб ідентифіковано чотири інші патогенні варіанти, що виявлялись у екзонах 8, 13 та 15. У третини пацієнтів при відсутності патогенних алелів в екзонних послідовностях гена ATP7B виявлено один чи декілька однонуклеотидних поліморфізмів нейтрального значення.

Файли

Схожі дисертації