Ковальський Д. Б. Вплив дистальних мутацій на конформаційну рухливість ВІЛ-1 протеази: дослідження методом молекулярної динаміки

Вперше, методом молекулярної динаміки (МД) проведено систематичне вивчення конформаційної рухливості нативної ВІЛ-1 протеази за різних умов середовища та вивчення впливу дистальних мутацій L10I, L90M, A71V/G73S/I93L та E35Q/M36I/S37D/R57K на її конформаційну рухливість як, мехназім резистентності до інгібіторів. Показано, що конформаційна стабільність димеру протеази суттєво залежить від протонованого стану каталітичної діади Asp25/25'. Вперше встановлено два механізми впливу дистальниих мутацій на конформаційні коливання ВІЛ-1 протеази - через перерозподіл узгоджених рухів та через зміну доступних конформаційних рухів. Розроблено алгоритми порівняння даних методів ЯМР да МД. Розроблено алгоритми порівняння динамічних характеристик двох білків з даних розрахунку МД. Розроблено універсальну схему вивчення впливу дистальних мутацій на конформаційну поведінку білків. Отримані дані можуть бути використані для розробки інгібіторів ВІЛ-1 протеази нового покоління, активних як проти нативної протеази так і її певних резистентних типів.