Єршов А. В. Характеристика CHI3L1, молекулярного маркера гліобластом, та типування гліобластом за профілем експресії генів

Дисертація присвячена характеристиці механізмів регуляції експресії гена CHI3L1, надекспресованого в гліобластомах, і визначенню особливостей його функціонування, а також типуванню гліобластом за профілем експресії генів. В ході роботи встановлено, що у хворих з первинними гліобластомами, G/G-гомозиготних за однонуклеотидним поліморфізмом -131C->G в промоторі CHI3L1, наявна тенденція до зменшення експресії CHI3L1. Було досліджено вплив транскрипційного фактору p53 на продукцію CHI3L1 і показано, що експресія CHI3L1 в клітинах лінії U87, що походять з гліобластоми, може бути знижена за рахунок надекспресії TP53, активації протеїна p53 або через блокування його деградації. Встановлено, що інгібування деацетилази гістонів SIRT1 знижує експресію CHI3L1 в клітинах U87. Порівнянням структур двох гомологічних протеїнів, що мають протилежний вплив на проліферацію клітин: просторової моделі CHI3L2, отриманої моделюванням за гомологією, зі структурою CHI3L1 показано, що CHI3L1 має дві відмінні функціональні одиниці - реорганізований ліганд-зв'язуючий сайт і поверхневий позитивно заряджений гепарин-зв'язуючий мотив. За допомогою сайт-спрямованого мутагенезу встановлено, що протеїн CHI3L1 зв'язується з гепарином через кластер позитивно заряджених амінокислот на поверхні протеїна, і цей гепарин-зв'язуючий сайт може бути відповідальним за субстрат-незалежний ріст клітин 293 з надпродукцією CHI3L1. Розроблено підхід субтипування гліобластом, який полягає в об'єднанні даних генної експресії з різних робіт, визначенні числа груп в масиві даних, проведенні кластерного аналізу та перевірці результатів за допомогою незалежного методу - нейромережевого аналізу. За профілем експресії обраних в даній роботі 416 генів визначено два підтипи гліобластом, "проліферативний" та "пронейральний", які можуть відображати особливості їхнього розвитку. Типування гліобластом за профілем експресії генів в подальшому може допомогти розробити стратегії їхнього лікування.